Zatvor u Ljubuškom je osnovan u junu 1992. godine, naredbom Valentina Ćorića, načelnika Uprave Vojne policije HVO-a. U upravljanju i organizaciji rada Zatvora učestvovali su Uprava Vojne policije, 4. brigada i vod Vojne policije pridodat 4. brigadi HVO-a. Ante Prlić, zapovednik tog voda bio je i zapovednik Zatvora od aprila do septembra 1993. godine. U septembru 1993. godine zamenio ga je Ivica Kraljević, a zatim je tu funkciju 10.12.1993. godine preuzeo Stanko Božić.

Zatočenici su počeli da stižu u zatvor početkom 1993. godine. Čuvalo ih je desetak vojnih policajaca HVO-a. U septembru 1993. godine broj čuvara se udvostručio. U Zatvoru je 6.5.1993. bilo 186 zatočenika. Na osnovu zapovesti o puštanju „civilnih osoba”, oslobođeno je 87 zatočenika, pa njihov broj smanjen na 99. Krajem maja 1993. godine u Zatvor su stigli mnogi zatočenici. Muslimani su zatočavani uglavnom zato što su odbijali da se bore na strani HVO-a, a kasnije samo zato što su Muslimani. Zatočeni Muslimani su dovođeni s cele teritorije pod kontrolom HVO-a, ali i iz Hrvatske. Zatočenici su bili iz različitih opština pod kontrolom HVO-a, kao što su Jablanica, Prozor, Mostar, Stolac ili Čapljina, ali i iz drugih zatočeničkih centara kao što su Zatvor u Dretelju ili „Heliodrom“ u Mostaru. Prihvatni kapacitet Zatvora u Ljubuškom nije prelazio stotinjak zatočenika, ali je u više navrata u zatvoru bilo mnogo više zatočenih: 20.4.1993. godine broj zatočenih Muslimana bio je 131, od kojih su 85 bili vojnici; 23.4.1993. godine 162, a 22.5.1993. godine 262. U septembru i novembru broj zatočenih i dalje je prelazio stotinu zatočenika Zatvor je primao zatočenike do kraja marta 1994. godine

Zatvor se nalazio u zgradi policijske stanice, stare preko 50 godina. Zgrada je imala dva dela: glavnu zgradu, u kojoj su ispitivani zatočenici, i deo u kojem se nalazilo sedam ćelija dimenzija 4 sa 3 m, jedna velika ćelija dimenzija 5 sa 5 m, i još jedna ćelija bez vrata, za bolesne i starije osobe. Muškarci su držani u bivšim skladištima. Neki muškarci bili su zatočeni u podrumu zatvora. U celom zatvoru postojao je samo jedan WC.

Zatvor u Ljubuškom bio je pretrpan. Ponekad je i do 40 zatočenika bilo strpano u ćelije dimenzija oko 7 sa 25 m. Kad su hteli da spavaju, zatočenici nisu mogli da legnu, jedva su mogli da sede. Nije bilo kreveta niti pokrivača, a vazduh u ćelijama bio je zagušljiv. Zatočenici su dnevno uglavnom dobijali samo jedan obrok lošeg kvaliteta, te su neki gubili i do 30 kilograma. Pristup lekarskoj nezi bio je veoma ograničen.

U Zatvoru u Ljubuškom  su povremeno držane i žene. Od 13.5.1993. do 8.6.1993. godine bilo je zatočeno pet žena, pripadnica Armije BiH. Dielile su istu ćeliju. Jedna od njih bila je Spomenka Drljević.

Dešavalo se da vojnici HVO-a uđu u zatvor i tuku i vređaju zatočenike. Šamarali su ih, udarali šakama i ponižavali. Alija Lizde i Fahrudin Rizvanbegović su udarani pištoljem u glavu. Najviše je tučen i maltretiran Rudolf Jozelić, koga su udarali lopatom po licu i terali da trči u krug i simulira let aviona jer je bio pilot. Mlađi i fizički jači zatočenici, poput Ismeta Poljarevića, vođeni su na prisilni rad na liniji fronta, gde su neki od njih ranjeni. Svedok CV je kopao rovove, gradio bunkere i utvrđenja na liniji fronta. Zatočenici su morali i da čiste ulice, parkove ili zgrade i da istovaruju kamione. Najčešće su vođeni u Gornji Vakuf, Popovo Polje, Neum i okolinu Trebinja. Hrvatskim zatočenicima je bilo dopušteno da imaju određenu slobodu kretanja, primaju posete, dobijaju pakete sa hranom, dok to nije bilo dozvoljeno Muslimanima.

Pre posete MKCK-a, koju je 1.5.1993. godine zapovedniku Zatvora najavio Valentin Ćorić, dvojica vojnih policajaca odveli su 80 zatočenika u Čapljinu da se okupaju. Jedan je zatočenik očistio ćelije i krug zatvora.

Zatvor u Ljubuškom je zatvoren 21.3.1994. godine, Tada su poslednji zatočenici premešteni na Heliodrom i oslobođeni 29.3.1994. godine, nakon razmene zarobljenika između HVO-a i Armije BiH.